对于正在搜索这个问题答案的人来说,一定心急如焚了!
因为我也遇到了相同的问题，而且并没有找到十分满意的答案.
经过我的努力,综合了一下我找到的答案们,现在把成果与大家分享!

请按步骤操作
1.将画面ctrl+a全选
2.使用移动(m_)命令,输入第一点位置0,0,0 确定,然后输入第二点位置  
0,0,1e99(是数字一英语字母E和数字九九)确定
3.将画面ctrl+a全选
4.使用移动(m_)命令,输入第一点位置0,0,1e99 确定,然后输入第二点位置0,0,-1e99确定
5.使用移动(m_)命令,输入第一点位置0,0,-1e99 确定,然后输入第二点位置  0,0,0确定

这样Z轴就归零了,原理是将问题的点全部移至正无穷,再移至负无穷,最后再移回到0坐标

注意:在这样做之前,要将块先打散,不然即使按部就班的做了这些步骤,图形也回不到0坐标

另外,百度搜索的多数答案是用一个软件归零,我始终没有用,所以没有发言权.